荷物お問い合わせシステムでの表示：新宿副都心営業所（新宿１丁目）
Google検索結果最上位：新宿副都心営業所（西新宿２丁目）

ヤマト運輸公式サイトで検索した結果：


こんなんでましたー。
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（西新宿８丁目） （0m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（新宿４丁目） （0m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（新宿５丁目） （0m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（新宿東口） （0m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（新宿１丁目） （0m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（西新宿７丁目） （0m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（西新宿４丁目） （0m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（西新宿６丁目） （0m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（ＥＣ西新宿６丁目） （10m）
ヤマト運輸　副都心ベース （11m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（西新宿２丁目） （11m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（西新宿中央） （11m）
ヤマト運輸　新宿副都心営業所（西新宿１丁目） （11m）

どうやら新宿副都心営業所は12ヶ所もあるらしい…というのは冗談で(^_^;
　東京都品川区八潮３−２−３５
にあるらしいのだ！
どこが新宿やねんっ!!

きっと統廃合の影響でこうなったのでしょう。んで、過去データとの整合性を失わないように古い名前を残してある、ってことかと。